A ideia de fusão surgiu no inicio dos anos 60, quando os dirigentes começaram a pensar na possibilidade de formar um clube que pudesse chegar aos campeonatos nacionais. Depois de vários anos de negociações, os sócios das duas equipas aprovaram a fusão e o nome proposto foi o do grande navegador nascido em Sines.   

Desde a fundação até 2004, o Vasco da Gama disputou os Campeonatos Nacionais da 2.ª e 3.ª divisão onde se sagrou Campeão Nacional da 3.ª divisão em 1979-80 e 1990-91.

Depois de dois anos sem futebol sénior, o Vasco da Gama tem participado na 1.ª e 2.ª divisão distrital de Setúbal. Conquistou o Campeonato Distrital da 2.ª divisão em 2008-2009 e conquistou a primeira Taça A.F. Setúbal em 2010-2011

Na presente época está a jogar na 1ª Divisão Distrital, da Associação de Futebol de Setúbal.

O Vasco da Gama desde a sua fundação tem apostado nas equipas de formação, atualmente conta com equipas em todos os escalões.

Na formação o clube conta com três títulos de Campeão Distrital de Juvenis, um da 1.ª Divisão e dois de Campeão Distrital da 2.ª Divisão.

No escalão de Iniciados conta com um titulo de Campeão Distrital da 1.ª Divisão de Setúbal.

Ao longo dos 57 anos, o clube contou com várias modalidades desportivas onde conquistou vários títulos, o maior destaque vai para o Hóquei em Patins, Natação e Caça Submarina.

Atualmente o Vasco da Gama Atlético Clube conta com secções de Caça Submarina, Triatlo, Atletismo, Yoga, Capoeira.